Mata kuliah Manajemen Peserta Didik membahas tentang ragam peserta didik dalam berbagai lembaga pendidikan Islam baik formal maupun nonformal serta karakteristiknya masing-masing berdasarkan lembaga pendidikan maupun peserta didiknya. Selanjutnya juga dikaji konsep dasar manajemen peserta didik yang meliputi perencanaan, pengaturan, pembinaan dan pengembangan diri, dan evaluasi peserta didik. Pembinaan dan pengembangan diri peserta didik ditekankan pada pengembangan bakat minat melalui layanan ekstrakurikuler dan berbagai layanan khusus, mencakup layanan bimbingan konseling dan pembinaan organisasi. Secara umum mata kuliah ini membahas konsep dasar manajemen peserta didik, perencanaan penerimaan peserta didik, rekrutmen peserta didik, seleksi peserta didik, penempatan peserta didik, pencatatan data peserta didik, pembinaan peserta didik, pengembangan diri peserta didik, mutasi peserta didik, evaluasi kegiatan peserta didik, kelulusan, dan alumni.