Botani Cryptogamae merupakan salah satu mata kuliah dengan beban studi sebesar 2 SKS. Pada mata kuliah ini mahasiswa belajar tentang botani pada organisme menyerupai tumbuhan dan tumbuhan yang alat perkembangbiakannya tersembunyi, terdiri atas Alga (Ganggang), Fungi (Jamur), Lumut Kerak (Lichenes), Tumbuhan Lumut (Bryophyta), dan Tumbuhan Paku (Pteridophyta).